Подскажите, почему $modx->setOption(key, value); не изменяет системную настройку? Как правильно это сделать?

Штука в том, что эти опции есть глобальные, есть у контекста, есть у скриптПроперииес и т.д. и гетопшн их безмпроблем выбирает, потому что там приоритеты есть. А сетопшн не знает в какой из наборов пихать. Ему надо вторым аргументом передавать куда писать, но я не уверен, что так можно с глобальными работать.

Нужно использовать MODX API:

$obj = $modx->getObject('modSystemSetting', array('key' => $key));
$obj->set('value',$value);
$obj->save();