Нужно добавить в нужный источник файлов булеву настройку hideSource:

и создать плагин на OnMediaSourceGetProperties:
<?php $properties = json_decode($properties, true); if (!empty($properties['hideSource']) AND !empty($properties['hideSource']['value']) AND $_REQUEST['node'] == '/') { die('{}'); }
Это очистит источники в дереве.
Источник: https://modx.pro/help/11936/#comment-91594
4 комментария